Podle podzimní zprávy Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ) utrácení aliančních peněz provázely nesrovnalosti a špatně vedené účetnictví.
Z peněz z programu bezpečnostních investic NATO byla především rekonstruována letiště v Čáslavi a v Náměšti nad Oslavou, aby mohla v budoucnosti přijímat spojenecké letouny. Investice se pohybovala kolem půl miliardy korun. více ZDE
Podle Čírtka se armáda při posuzování jednotlivých uchazečů o tyto zakázky v roce 2000 řídila několika kritérii, mezi která patřila cena či zkušenosti uchazeče. "V rámci těchto kritérií bylo možné i vítězství uchazeče s vyšší nabídkovou cenou, pokud vynikl v kritériích jiných," uvedl mluvčí. více ZDE
Podle zprávy NKÚ byl způsob hodnocení nabídek stanoven nevhodně.
Jednou z příčin neefektivního nakládání s penězi byl "nepříliš pružný a administrativně náročný způsob řízení projektů bezpečnostních investic NATO s nedostatečným tokem informací a nesprávně nastavenými kompetencemi a odpovědnostmi spolu s nízkou úrovní právního vědomí", uvádí se ve zprávě.
Obrana zaplatila z aliančních peněz například 587 tisíc korun za vystavení inspekčních certifikátů staveb, které nakonec nezískala.
Celkem 19,9 milionu korun utratila za dvě soupravy polní informační sítě, umožňující komunikaci a přenos informací mezi českou armádou a NATO v polních podmínkách. Systém přitom nebyl nikdy vyzkoušen.
