Státní zástupce Zdeněk Matula Šišku viní z pokusu o zneužití pravomoci úřední osoby a z pokusu o porušení předpisů o pravidlech hospodářské soutěže. Obžaloba směřuje i na soudního znalce Vladimíra Smejkala, který pro ministerstvo vypracoval údajně nepravdivý posudek (více o obvinění zde).
„Projekt byl už tehdy připravený a hotový, můj úkol byl honit lidi do práce,“ vypověděl u pražského městského soudu Šiška. „Nastoupil jsem do vlaku až na šestém nádraží a jel jsem tím vlakem dál po kolejích, které byly nastaveny,“ prohlásil. „A v tom vlaku už sedělo IBM?“ zeptal se ho Matula. „Tak jsem to pochopil,“ odvětil Šiška. Zdůraznil, že rozhodoval na základě podkladů, které mu dávali podřízení. „Souhlasil jsem s navrhovaným řešením, které bylo plně v kompetenci ředitele odboru,“ dodal.
Šiška zahájil k 21. říjnu 2011 řízení o zadání nadlimitní veřejné zakázky „Zlepšení adresnosti a účelovosti vyplácení dávek“, a to formou jednacího řízení bez uveřejnění. K účasti vyzval jediného dodavatele - firmu IBM. Podle obžaloby si počínal v rozporu se zákonem o veřejných zakázkách, protože IBM nebyla jediným dodavatelem, který mohl tuto zakázku splnit. Ministerstvem vyžádaný posudek advokátní kanceláře přitom upozorňoval na to, že pro jednací řízení bez uveřejnění nejsou splněny podmínky.
„Snažil se docílit, aby ministerstvu bylo dodáno pouze řešení vyvinuté IBM, protože s realizací zakázky jiným dodavatelem vůbec nepočítal,“ uvedl žalobce.
Šiška následně zadal Smejkalovi, s nímž se znal z dřívějška, vypracování posudku k tomu, zda existují objektivní důvody pro jednací řízení bez uveřejnění. Podle obžaloby pak Smejkal v posudku nepravdivě napsal, že IBM je jediným dodavatelem, který je schopen zajistit plnění předmětu zakázky. Přitom prý ani neprovedl průzkum trhu. Šiška poté posudek, za nějž Smejkal dostal odměnu 238 500 korun, využil jako stěžejní argument pro jednací řízení bez uveřejnění. Údajně tak „směřoval k opatření neoprávněného prospěchu IBM ve výši nejméně jedné miliardy“.
Tendr zrušil v listopadu 2012 antimonopolní úřad poté, co si na postup ministerstva stěžoval jiný potenciální dodavatel, softwarová společnost SAS Institute.
Šiška čelí v souvislosti se svou činností na ministerstvu i dalším trestním stíháním. Nepravomocně dostal sedmiletý trest vězení za vydírání a zneužití pravomoci při veřejné zakázce (více čtěte zde). Obviněn je také v kauze údajně zmanipulovaných IT zakázek na provoz systému výplaty sociálních dávek.
