Jindrák začal na ministerstvu zahraničí pracovat už po studiích. V letech 1998 až 2001 byl velvyslancem v Maďarsku, poté se stal náměstkem ministra zahraničních věcí. Od roku 2004 zastával místo českého ambasadora ve Vídni a následně v Berlíně. Velvyslanectví v Německu vedl osm let a stal se tak nejdéle sloužícím ambasadorem v Německu.
Na místo náměstka se vrátil v roce 2014, poté pracoval jako poradce premiéra Bohuslava Sobotky (ČSSD). Na Úřadu vlády skončil před několika dny. Ve službách Sobotky se věnoval zahraniční politice, mimo jiné bilaterálním vztahům s Německem či agendě středoevropské regionální spolupráce v době českého předsednictví visegrádské čtyřce.
Ve funkci nahradil Kmoníčka, který ve středu odletěl do USA, aby vedl českou ambasádu ve Washingtonu. Kmoníček dříve řekl, že Jindráka do funkce navrhl. Je podle něj důležité, aby šéfem hradní diplomacie byl člověk, který bude schopen fungovat jak v oblasti státní správy, tak ve specifických podmínkách Kanceláře prezidenta republiky. Poznamenal, že Jindrák je na rozdíl od něj více zaměřen na problematiku Evropské unie.
