Pernes čelí kritice mimo jiné kvůli tomu, že před listopadovou revolucí navštěvoval Večerní univerzitu marxismu-leninismu a neuvedl to v životopisu. (více o VUMLu čtěte zde)
Proti Pernesovi se kvůli tomu postavila část zaměstnanců, která jako Iniciativa neUSTRčených požadovala vypsání nové soutěže o místo ředitele. Argumentovala například tím, že výběrové řízení mělo formální nedostatky.
Předsedkyně rady ústavu Naděžda Kavalírová nakonec dekret o jmenování odmítla podepsat. Rada proto během jednání změnila těsným hlasováním stanovy a pověřila podpisem svou členku Petrušku Šusterovou, bývalou disidentku a novinářku.
"Dnešní hlasování rady kopírovalo postup při výběrovém řízení," řekl k tomu iDNES.cz Pernes. V polovině února ho zvolili čtyři členové rady ze sedmi.
"Považuji za problém, že o mém jmenování rozhodla pouze těsná nadpoloviční většina. Jako cíl jsem si dal přesvědčit i zbývající členy rady o tom, že to s ústavem myslím dobře," dodal Pernes.
Kavalírová vydala prohlášení, ve kterém upozorňuje, že k potvrzení Pernese ve funkci došlo navzdory pochybnostem o splnění podmínek daných zákonem.
"Žádám proto, aby bylo před eventuálním podpisem dekretu především objasněno, zda jmenovaný neměl kontakty na StB, jaké byly okolnosti jeho zařazení do studia Večerní univerzity marxismu-leninismu, proč v textu knihy o Slavkově vychází z pozitivního hodnocení komunistického režimu a konečně, čím byl veden při využití diplomové práce o E. Moravcovi ve vlastní práci, aniž v ní použití cizí práce výslovně uvedl," napsala Kavalírová.
NeUSTRčení totiž poukazovali na to, že Pernesova kniha Až na dno zrady: Emanuel Moravec by mohla být plagiát, částečně opsaná diplomová práce Josefa Vytlačila.
Kritici ale byli těsně umlčeni. Pernes ve čtvrtek vystřídá dosavadního ředitele Pavla Žáčka, který se zasadil o vznik ústavu a řídil ho bez výběrového řízení. (více o konkurzu čtěte zde)