V době německé okupace v letech 1939 až 1945 byla věznice využívána nacistickou okupační správou, která v ní zřídila vyšetřovací vazbu gestapa.
"V pankrácké sekyrárně bylo od 5. dubna 1943 do 26. dubna 1945 popraveno tisíc sedmdesát pět osob a z toho bylo sto padesát pět žen," upřesnil Aleš Kýr, vedoucí kabinetu dokumentace a historie.
Poslední popravu provedli nacisté na Pankráci ještě 26. dubna 1945. Hned potom nechvalně proslulou gilotinu odvezli a její části shodili do Vltavy přímo pod Karlovým mostem. O dva měsíce později ji vylovili potápěči. Gilotina, ale i zbytky šibenice, na které popravovali v 50. letech komunisté, jsou součástí unikátní expozice o historii věznice a českého vězeňství.
"Návštěvníkům zvenčí není toto místo přístupné a slouží jen předem objednaným badatelům z řad vědců a studentům," řekla mluvčí věznice Michaela Hájková.
Pankrácká sekyrárna, která sousedí s muzeem, se skládala ze tří místností. V první se předčítal rozsudek, nebo se zde odsouzený dozvěděl, že jeho žádost o milost byla zamítnuta, ve druhé byla instalována gilotina a třetí sloužila jako sklad rakví pro těla popravených.
Na pietním místě v sekyrárně si připomněl hrdiny odboje a účastníky povstání i ministr spravedlnosti Jiří Pospíšil.
V pěti květnových dnech roku 1945 bojovalo v Praze se zbraní v ruce 30 tisíc mužů i žen, sto tisíc obyvatel se účastnilo stavby barikád, zásobování nebo pečovalo o raněné. Téměř dva a půl tisíce jich padlo a takřka 3 700 jich bylo nacisty zavražděno.
