Michala Kováče mladšího unesli poslední srpnový den v roce 1995 za Mečiarovy vlády. Podle vyšetřovatelů mladého podnikatele zbili, opili a zavlékli do Rakouska příslušníci Slovenské informační služby, v jejímž čele stál Ivan Lexa. Tajná služba údajně chtěla prezidenta diskreditovat, protože ostře kritizoval Mečiarovu vládu.
Amnestie na vyšetřování únosu vydal tehdejší premiér Mečiar poté, co Kováčovi skončilo funkční období. Jeden ze svědků bývalého trojnásobného premiéra označil za ideového vůdce únosu. Podle Kováče tak Mečiar vlastně omilostnil sám sebe.
"V naší zemi se to považuje za něco, co předcházející vlády nedokázaly spravedlivě vyřešit. Nedokázaly to proto, že v politické nadále zůstával pan Mečiar," nechal se slyšet Kováč.
Na zrušení amnestií by současná koalice potřebovala podporu aspoň části poslanců opozičního Smeru-SD. Už v minolsti někteří slovenští poslanci několikrát navrhovali, aby Mečiarovy amnestie byly zrušeny. Návrh ale v parlamentu nezískal potřebnou třípětinovou podporu.
Ani po 15 letech není podle Kováčova názoru na otevření případu pozdě. "Není pozdě nikdy, když jde o prosazení spravedlnosti. Mečiar nese odpovědnost za únos mého syna, měli by ho stíhat," myslí si Kováč.
Mečiarova strana amnestie dodnes obhajuje. Nedávno informovala, že Mečiar je udělil proto, že už před tím Kováč amnestií omilostnil vlastního syna. V prosinci 1997 totiž udělil milost aktérům aféry Technopol, kvůli níž byl na Kováče mladšího vydán mezinárodní zatykač.
Kováč tehdy namítal, že amnestii udělil proto, že jeho syn byl za stejný čin stíhaný ve dvou zemích, v Německu i na Slovensku. Stíhání Kováče mladšího v únoru 2000 zastavil soud v Bavorsku pro nedostatek důkazů. Syn bývalého prezidenta od té doby působí v diplomatických službách. V Austrálii je zástupcem slovenského velvyslance, s médii nekomunikuje.