Mlynář v dubnu 2005 rezignoval na ministerskou funkci, o rok později vystoupil ze strany.
V poslední době se o něm mluví především v souvislosti s rozhodnutím soudu, který jej kvůli založení společnosti Testcom servis poslal, zatím nepravomocně, na 5,5 roku do vězení. - více zde
Kauza je nyní u Vrchního soudu v Praze. Odvolací soudci začali spis studovat počátkem června.
Ve stejné kauze byli k šesti letům vězení odsouzeni bývalý šéf Testcomu a exředitel České televize Dušan Chmelíček a náměstek společnosti Vít Novotný. Všichni tři nepravomocně odsouzení vinu od počátku odmítají.
Podle soudu obžalovaní uzavřeli pro stát nevýhodnou smlouvu a na její činnost použili 7,5 milionu korun z rezervního fondu příspěvkové organizace Testcom. Zisk měl ale podle smlouvy zůstávat Testcom servisu a o jeho rozdělení měli podle žalobce rozhodovat Chmelíček s Novotným. Stát měl ještě za některé služby platit.
Mlynář v posledních měsících pracuje jako konzultant v oblasti telekomunikací a e-governmentu.
