Ekologická hnutí v Evropě a částech Asie, odpůrci geneticky upravovaných potravin, argumentují proti těmto potravinám tím, že neexistuje dostatek vědeckých důkazů o tom, že jsou pro lidské zdraví neškodné. Důvodem genetického upravování zemědělských plodin je snaha zlepšit jejich odolnost vůči nemocem a herbicidům, a zvýšit tak jejich výnosy. Francie nedávno nařídila zničení zhruba 600 hektarů řepkových polí poté, co firma obchodující v zemědělství přiznala, že neúmyslně prodala dovezená řepková semena s obsahem geneticky modifikovaných organismů.
Ekologičtí aktivisté v Austrálii a na Novém Zélandu namítají, že plánované označení potravin s obsahem genetických organismů nad jedno procento, je nedostatečná. Podle údajů Australské komise spotřebitelů by tímto zůstalo neoznačeno celých 75 procent potravin s obsahem genetických organismů. Nemluvě již ani o konzervách, sušenkách, sladkostech, zmrzlinách, o pokrmech ve stáncích a restauracích, kde by vůbec nebylo podchyceno množství genetických organismů.
“Kupující mají právo vědět, jestli potravina obsahuje genetické organismy, nikoli pouze to, jestli toto množství přesahuje jedno procento,” prohlásila mluvčí novozélandské Strany zelených, na jejíž podpoře je tamní menšinová středolevicová vláda závislá, a vyzvala k demonstraci v souvislosti s nadcházejícím jednáním Výboru bezpečnosti potravin Austrálie a Nového Zélandu.
Výrobci potravin požadují na svých vládách jasná pravidla, která by je zcela nezahnala do slepé uličky. Tvrdí, že testovat potraviny na přítomnost genetických organismů pod hranicí jednoho procenta je technicky nemožné a varují před vzrůstem cen, pokud by museli prokazovat a potvrzovat původ všech ingrediencí.
V České republice v současné době také probíhá diskuse o označování geneticky modifikovaných potravin. Novela zákona o potravinách má vstoupit v platnost od roku 2001 poté, co ji schválí parlament a podepíše prezident. Podle této novely se označování geneticky upravovaných potravin nebude, podobně jako u našich protinožců, vztahovat na ty, které obsahují méně než jedno procento genetických organismů, a také na ty, které byly z pozměněných surovin sice vyrobeny, ale již to není možné zjisti (např. sójový olej). Proti geneticky upraveným potravinám vehementně protestují přívrženci Greepeace a nabádají spotřebitele k ignoraci těchto potravin a velké opatrnosti.