Šešelj strávil ve vazbě Mezinárodního trestního tribunálu pro bývalou Jugoslávii (ICTY), před nímž se konalo prvoinstanční řízení, už více než 11 let. V Haagu se dobrovolně přihlásil v únoru 2003. V listopadu 2014 pak byl dočasně propuštěn do Bělehradu, aby podstoupil léčbu rakoviny. Zpět se už nevrátil.
Ultranacionalista byl obžalován ve třech bodech ze zločinů proti lidskosti a v šesti bodech z porušení norem válečného práva nebo válečných zvyklostí. Podle žalobců, kteří žádali trest 28 let vězení, byly tyto trestné činy spojeny hlavně s etnickými čistkami, které Šešelj podněcoval a podporoval svými četnými projevy a při nichž byly páchány vraždy, mučení, sexuální násilí a ničení majetku.
Vyhánění Chorvatů
Senát ICTY ale po více než osm let trvajícím procesu Šešelje v březnu 2016 většinou hlasů zprostil viny ve všech bodech. Dospěl k závěru, že nebyla dostatečně prokázána osobní odpovědnost obžalovaného za zločiny spáchané v Bosně, Chorvatsku a srbské oblasti Vojvodina za válek v letech 1991-1995.
Mechanismus OSN pro mezinárodní trestní tribunály (MICT) ve středu nicméně shledal souzeného trestně odpovědným za zločiny proti lidskosti. Ty podnítil svými výzvami ve Vojvodině k vypuzení tamního chorvatského obyvatelstva. Po projevu z května 1992 v obci Hrtkovci, při němž přečetl seznam lidí, kteří by měli odejít do Chorvatska, část Chorvatů z obavy sama odešla. Povzbuzeni tímto Šešeljovým počinem pak srbští nacionalisté zahájili kampaň obtěžování a zastrašování dalších Chorvatů, a přiměli je tak k odchodu.
Středeční verdikt je svým způsobem šalamounský. MICT na jedné straně uznal Šešeljovu vinu, byť jen částečně, čímž chtěl uklidnit rozhořčení blízkých válečných obětí nad osvobozujícím verdiktem ICTY. Na straně druhé uložil trest, k jehož výkonu 63letý Šešelj nemusí nastoupit, čímž ušetřil problémů srbské vedení, které by muselo šéfa radikálů vydat. Šešelj nedlouho před vynesením rozsudku MICT zopakoval, že se do Haagu dobrovolně už nevrátí a že by ho tam srbské úřady musely dostat silou.
Muž na špinavou práci
Šešelj, rodák ze Sarajeva, se ještě za studií se stal komunistou. V polovině 80. let se ale ocitl v opozici proti komunistickému režimu, když kritizoval federální systém a v roce 1984 byl jako „srbský nacionalista“ odsouzen a téměř dva roky ale strávil v jedné z nejhorších jugoslávských věznic v Zenici. Spoluvězni ho údajně znásilňovali, proto prý od té doby nenávidí Muslimy. Když se vrátil z vězení, stal se z něho antikomunista a na konci 80. let se dostal do kontaktu s „tvrdým jádrem“ srbských nacionalistů v exilu.
Po pádu komunismu patřil k nejhorlivějším zastáncům myšlenky Velkého Srbska, které mělo podle jeho představ zabírat prakticky celou Jugoslávii až na Slovinsko a část Chorvatska. Jím podporované dobrovolnické jednotky se zapojily do bojů v Chorvatsku a Bosně i později v Kosovu. Šešelj se uplatnil i v bělehradské politice, kde dodnes patří k největším jestřábům.
Byl považován za „muže na špinavou práci“ Slobodana Miloševiče, s někdejším jugoslávským a srbským prezidentem měl ovšem poněkud rozporné vztahy. Ty se pohybovaly od takřka bezvýhradné podpory až po otevřenou roztržku v polovině 90. let, kdy Šešelj nesouhlasil s mírovým plánem pro Bosnu; po obvinění z válečných zločinů ho tehdejší bělehradská vláda dokonce poslala na pár měsíců do vězení.
Koncem 90. let byl ale dlouholetý předseda Srbské radikální strany (SRS) opět Miloševičovým spojencem, mezi roky 1998 a 2000 byl místopředsedou srbské vlády. Po svržení Miloševičova režimu v říjnu 2000 se Šešelj stal lídrem srbského nacionalistického hnutí. Svou extrémně nacionalistickou stranu vede nepřetržitě od roku 1991.
Poté, co jej ICTY zprostil obvinění, kandidoval v dubnu 2016 ve volbách za SRS, kterou po čtyřleté pauze dovedl do parlamentu. Strana tehdy skončila třetí a ve 250členné Skupštině získala 22 mandátů. Klesající vliv Šešelje, který nicméně stále dokáže do ulic dostat tisíce příznivců, ale ilustrovaly loňské prezidentské volby, jež už v prvním kole vyhrál jeho někdejší chráněnec Aleksandar Vučić. Vojislav Šešelj skončil až pátý se ziskem pouhých 4,5 procenta hlasů.
