"Mohu potvrdit, že jsem se vzdal členství ve vědecké radě Ústavu pro studium totalitních režimů. Důvodem je jak průběh konkurzu a jmenování nového ředitele, tak i fakt, že vědecká rada je poradním orgánem ředitele a byl jsem do ní jmenován Pavlem Žáčkem," vysvětlil svůj odchod Jan Kuklík. Gruntorád svůj odchod zatím oficiálně nepotvrdil.
Nový šéf ústavu Jiří Pernes porazil ve výběrovém řízení Pavla Žáčka, který ústav vedl dva roky. U části zaměstnanců ale jeho jmenování do funkce vyvolalo nevoli. Podle spisovatele a bývalého velvyslance Jiřího Gruši získal nový ředitel funkci pouze díky politickým tlakům. "Pan Pernes představuje byrokratickou strukturu, která je politicky ovlivnitelná. To není výtka vůči němu, ale obava," uvedl.
Gruša z vědecké rady vystoupil už den před Pernesovým nástupem. Spolupráci s novým šéfem odmítl i uznávaný vojenský historik Eduard Stehlík. (čtěte Gruša vystoupil z vědecké rady ústavu pro studium totality. Další ho následují)
Sporné výběrové řízení
Výběrové řízení Pernes vyhrál jen těsnou většinou hlasu členů rady ústavu. Její šéfka Naděžda Kavalírová pak odmítla podepsat jeho jmenovací dekret a rada kvůli tomu narychlo měnila své stanovy. Pernes čelí kritice mimo jiné kvůli tomu, že před listopadovou revolucí navštěvoval Večerní univerzitu marxismu-leninismu a neuvedl to v životopisu.
Proti Pernesovi se kvůli tomu postavila část zaměstnanců, která jako Iniciativa neUSTRčených požadovala vypsání nové soutěže. Výběrové řízení podle nich mělo formální nedostatky. Část zaměstnanců navíc tvrdí, že Pernesova kniha Až na dno zrady: Emanuel Moravec by mohla být plagiát. (čtěte Iniciativa neustrčených: Takhle historik Jiří Pernes opisoval diplomku a stvořil plagiát)
Už první den ve funkci provedl Pernes v ústavu personální čistku. Například na pozici prvního náměstka skončil Miroslav Lehký, kterého vystřídal historik Jaromír Kalus. Odvolán byl i šéf kanceláře ředitele Patrik Košický, na jehož místo nastoupila Iva Vojtková. O funkci přišel i náměstek René Schreier a ředitel odboru ekonomiky a provozu Marcel Uchytil. Na jejich místa Pernes plánuje vypsat výběrová řízení.