Pražský městský soud věc prezidentovi na základě žalob Fajta, Ošťádala a Univerzity Karlovy koncem dubna vrátil k dalšímu řízení. Upozornil na to, že žádný orgán výkonné moci nemůže po řádném řízení o jmenování profesorem sám znovu posuzovat, zda kandidát splňuje podmínky pro jmenování. Nepřípustně by tím totiž zasáhl do autonomie vysokých škol.
O podání kasační stížnosti informovala Česká televize.
Nespala už ve čtvrtek uvedl, že prezident se proti rozsudku bude bránit, protože jde o zásadní právní otázku ohledně postavení hlavy státu a její suverenity. Zároveň zdůraznil, že nejde o nic osobního.
Fajtův a Ošťádalův jmenovací dekret Zeman nepodepsal na jaře 2015 ještě společně s dekretem politologa Jana Eichlera. Zdůvodnil to vážnými prohřešky akademiků z minulosti. V případě Fajta poukázal na jeho údajnou žádost, aby mu banka prostřednictvím sponzorského daru poskytla doplatek k platu ředitele Národní galerie. U Ošťádala kritizoval kontakty s komunistickou Státní bezpečností. Své rozhodnutí Zeman oznámil v lednu 2016 dopisem tehdejší ministryni školství.
Prezident v následném správním sporu argumentoval mimo jiné tím, že za výkon jeho pravomocí ho žádný jiný státní orgán nemůže volat k odpovědnosti. Soud však tento výklad ústavy vyvrátil. Zdůraznil, že prezident je při výkonu pravomocí vždy vázán ústavními i ostatními zákony a jeho postup lze přezkoumat právě z hlediska zákonnosti.
