Fujimori je mimo jiné obžalován ze zneužití veřejných fondů. V září 2000, když byl poslední měsíc ve funkci, údajně obdržel 15 milionů dolarů od své pravé ruky, šéfa tajných služeb Vladimira Montesina. Peníze přitom ministerstvo financí vyčlenilo na nikdy neuskutečněnou operaci proti infiltraci kolumbijských geril.
Bývalému peruánskému prezidentovi, který s obžalobou nesouhlasí a tvrdí, že je nevinný, za to hrozí osm let vězení. Tresty se ale v Peru nesčítají, takže případné odsouzení neprodlouží jeho pobyt ve vězení. Fujimori již vedle svého pětadvacetiletého trestu z loňského roku byl v roce 2007 odsouzen za zneužívání moci.
Soudnímu tribunálu, který by měl vyslechnout 28 svědků, předsedá soudce César San Martín. Ten předsedal i dubnovému líčení, kdy Fujimori dostal dosud nejvyšší trest. Exprezident tehdy po rozsudku oznámil, že se proti němu odvolá.
Fujimoriho vláda se rozpadla v roce 2000 po korupčním skandálu a prezident utekl do Japonska, odkud pocházeli jeho rodiče. Svou rezignaci odtud zaslal faxem. V roce 2005 odletěl do Chile, kde ho tamní úřady zadržely a vydaly do Peru.
