Pracovníci úřadu se zaměřili na hospodaření ministerstva v letech 2003 a 2004. Zjistili, že v souladu s pravidly nebyla rekonstrukce velvyslanectví v Paříži.
"Na rekonstrukci budovy zastupitelského úřadu byly do konce roku 2004 vynaloženy prostředky o 209 procent vyšší než náklady v registračním listu," uvádí Nejvyšší kontrolní úřad na svých internetových stránkách.
Při jedné ze zakázek kontroloři například objevili, že ministerstvo zvýhodnilo vítěze oproti jiným uchazečům o zakázku v hodnotě 7,8 milionu korun.
Černínskému paláci dále kontrola vytýká, že ve značném nevedl v účetnictví a neprováděl inventarizaci majetku v hodnotě nejméně 243 milionů korun k 31. prosinci předloňského roku.
Nejvyšší kontrolní úřad se také zmiňuje, že ministerstvo porušilo rozpočtovou kázeň, protože nečerpalo peníze v souladu s věcným plněním a neoprávněně použilo necelých 35 milionů korun. Rozpočtovou kázeň ministerstvo porušilo i v případě asi 56 milionů korun.
Kritiku si úřad české diplomacie vysloužil i v případě financování velvyslanectví. Podle NKÚ nedodržuje ministerstvo shodu rozpočtového a kalendářního roku. "Posunulo rozpočtové období zastupitelských úřadů o dva měsíce oproti roku kalendářnímu," napsala kontrola.
Na problém s financováním zahraničních misí upozornila podle NKÚ už předchozí kontrola. Ministerstvo, třebaže o problému ví od roku 1997, vhodné řešení nenavrhlo, konstatoval kontrolní úřad.