Vraždu novináře nařídil Kravčenko generálu Pukačovi 13. nebo 14. září 2000 ve své ministerské kanceláři. Pukač příkaz splnil kvůli osobnímu zájmu a možnosti služebního postupu, uvádí se ve zprávě o vyšetřování.
Na vraždě se bezprostředně podíleli tři další Pukačovi spolupracovníci, kteří si již odpykávají dlouholeté tresty vězení. Sám Pukač, který Gongadzeho uškrtil, se devět let skrýval a zatčen byl až loni v létě. Nyní mu hrozí doživotí. K vraždě se už dříve doznal. (více čtěte zde)
Ministr Kravčenko trestu ušel, když v roce 2005 spáchal sebevraždu v den, kdy měl o Gongadzeho případu vypovídat. V dopise na rozloučenou nicméně uvedl, že s vraždou nemá nic společného a že se stal obětí politických intrik.
Tělo novináře našli v roce 2000, hlavu o 9 let později
Novinářovo bezhlavé tělo našli na podzim roku 2000 v lese nedaleko Kyjeva. Hlavu Gongadzeho našli policisté zakopanou v zemi až o devět let později.
Gongadze proslul kritickými texty proti tehdejšímu ukrajinskému vedení, zejména prezidentovi Leonidu Kučmovi. O jeho podílu na Gongadzeho smrti se na Ukrajině dodnes spekuluje. Jeho vražda každopádně pobouřila celou zemi a byla jedním z impulsů, které vedly k takzvané oranžové revoluci a změně režimu v roce 2004.
V době své smrti jednatřicetiletý Gongadze byl synem významného gruzínského novináře a sovětského disidenta Ruslana Gongadzeho, po matce byl Ukrajincem. Z rodného Tbilisi se po studiích přestěhoval na Ukrajinu.