Poslanci byli již na podzim přesvědčeni, že Jelcin svými neodbornými zásahy ničí ekonomiku i sociální sféru. Parlament tak nejdříve schválením zákona o vládě odebral prezidentovi mimořádné pravomoci, které v prosinci 1991 dostal od Sjezdu lidových poslanců a které mu umožňovaly formovat a řídit vládu bez souhlasu parlamentu, a poté se několikrát pokusil vyslovit Jelcinovi nedůvěru. Většinou ale ani nedošlo na hlasování.
Na jaře 1993 Jelcin vyhlásil v zemi zvláštní prezidentskou správu a vyhlásil referendum o důvěře prezidentovi, ve kterém ho podpořila nadpoloviční většina voličů. Po neustálých půtkách Jelcin 21. září podepsal výnos, kterým rozpustil parlament i Sjezd lidových poslanců.
Dalšími hlavními body dokumentu bylo vypsání předčasných voleb do nového zákonodárného sboru a také to, že do zahájení práce nového parlamentu bude země řízena prezidentovými dekrety a vládními výnosy. Jelcin připustil, že mu to platná ústava nedovoluje, a svůj krok vysvětlil „hlubokou krizí státnosti“. Parlament kontroval tím, že Jelcina zbavil funkce prezidenta a novou hlavou státu jmenoval Alexandra Ruckého. Do centra Moskvy poté vyrazily stovky lidí.
Tehdejší šéf parlamentu Ruslan Chasbulatov sice vyzval vojáky, aby neposlouchali Jelcinovy rozkazy, ale tehdejší ministr obrany Pavel Gračov ujistil Jelcina, že se může spolehnout na podporu armády. I Západ vyjádřil plnou podporu Jelcinovi.
Výjimečný stav
První oběti krvavého podzimu přinesl útok skupiny ozbrojenců na vrchní velitelství sil SNS dva dny po rozpuštění parlamentu, při němž přišli o život dva lidé. Moskevské úřady poté odpojily elektrické vedení do budovy parlamentu a Bílý dům, jak se tehdy říkalo budově parlamentu, obklíčily jednotky elitní Dzeržinského divize. Obránci parlamentu zesílili barikády a začali se ozbrojovat. Část z nich po několika dnech opustila parlament.
V Moskvě začalo docházet k potyčkám mezi demonstranty a obránci parlamentu s policií a Jelcin vyhlásil 3. října výjimečný stav a po páté hodině ranní 4. října nařídil svým jednotkám, aby podnikly „naléhavá opatření k osvobození moskevských budov ovládaných povstalci“. Na parlament pak zaútočila střelbou z tanků více než tisícovka vojáků.
Boje odstartovalo napadení budovy televize Jelcinovými odpůrci. Po čtvrté hodině odpolední byli zatčeni vůdcové pokusu o převrat včetně Ruckého a Chasbulatova, kteří byli později odsouzeni za „organizování masových nepokojů“. V únoru 1994 byli propuštěni na základě amnestie a poté se opět angažovali v politice.
Nová ústava
Jelcin vyšel z událostí posílen. Krvavé události nakonec dovedly zemi k parlamentním volbám a hlavně k referendu, které schválilo novou ústavu. Nový základní zákon podstatně rozšířil pravomoci prezidenta na úkor parlamentu. Nová ústava dala prezidentovi právo jmenovat na doporučení premiéra ministry.
Jelcinovi kritici dodnes poukazují na to, že Západ přijal podle nich lživou formulaci Kremlu o tom, že se jednalo o potlačení komunistů a radikálů. Podle nich si chtěl Jelcin pouze udržet moc. Podpora Západu v té době pramenila především z toho, že mnozí ještě měli před očima srpen 1991, kdy Jelcin se svými věrnými zlikvidoval pokus o puč konzervativních sil a pomohl tehdejšímu prezidentovi SSSR Michailu Gorbačovovi, ač s ním měl kontroverzní vztahy, zpět do Kremlu.
Asi nejvíce utrpěla Jelcinova popularita až po vpádu ruských vojsk do Čečenska v roce 1994. Přesto byl o dva roky později opět zvolen do funkce prezidenta. Svým odchodem v roce 1999 Jelcin nastartoval kariéru Vladimira Putina, kterého si vybral za svého nástupce jako ne příliš známého premiéra a který je nyní prezidentem. Po odchodu z funkce se z Jelcina stal důchodce s doživotními jistotami. Zemřel v dubnu 2007 v 76 letech.
