Současná vysoká úroveň fyziky elementárních částic v Česku vděčí za vytvoření potřebných předpokladů z velké části právě Niederlemu, shodují se odborníci.
V letech 1990–1997 byl pověřen péčí o mezinárodní vztahy Akademie věd, nejprve jako člen Výboru pro řízení pracovišť ČSAV a od jara 1993 jako člen předsednictva Akademické rady AV ČR.
Niederle v průběhu let přebudoval zahraniční styky Akademie věd tak, aby odpovídaly novým potřebám. Podařilo se mu navázat vědeckovýzkumnou spolupráci např. s Izraelem, Japonskem, Jihoafrickou republikou, s Belgií, Tchaj-wanem, Brazílií a Jižní Koreou a se zeměmi, se kterými již AV spolupracovala. Tuto spolupráci podstatně rozšířil a zkvalitnil.
Proslul také jako vůdčí osobnost při realizaci spolupráce českých akademických a vysokoškolských pracovišť s Evropskou laboratoří fyziky částic CERN v Ženevě. Od roku 1993 byl představitelem ČR v jeho nejvyšším orgánu, Radě CERN.
