Rada ústavu zvolila Pernese Žáčkovým nástupcem 17. února. Pak se ale objevila informace, že historik byl kandidátem tajné spolupráce Státní bezpečnosti a že studoval politickou vysokou školu - Večerní univerzitu marxismu-leninismu (VUML).
Zatímco o vedení v záznamech StB Pernes vědět nemusel - tajná služba si takto značila řadu lidí, které by později mohla zkusit využít - VUML studoval vědomě. Ale bagatelizoval to s poukazem na to, že na školu začal chodit až v roce 1988 a zanedlouho přišel převrat.
Někteří radní proto avizovali, že budou chtít volbu ředitele znovu otevřít. Podle informací Lidových novin ale tuto možnost většina radních zamítla a Pernes by se tak měl ujmout úřadu 1. dubna (čtěte původní článek na serveru Lidovky.cz).
Informace, které se "na Pernese" objevily po jeho výběru, vedly sociální demokracii k prohlášení, že jde o mstu bývalého ředitele ústavu Pavla Žáčka, který na svého protivníka "vytahuje věci z Archivu bezpečnostních složek". Žáček to v televizních Otázkách Václava Moravce v neděli odmítl.
