1992-1993 Petr Lom (ODS) - Funkce se ujal po volbách v červenci 1992, počátkem roku 1993 rozběhl pojištěnecký systém. Do půl roku byl ale odvolán, když proti němu protestovali ambulantní lékaři. Působil jako velvyslanec v Pobřeží slonoviny. V květnu 2003 zemřel.
1993-1995 Luděk Rubáš (ODS) - Premiér Václav Klaus jej v červnu 1993 navrhl do své vlády jako Lomova kritika. Po dvou letech ve funkci se dostal do sporu s lékařskou komorou a poslanci kvůli narůstající nerovnováze mezi výdaji a příjmy resortu. Dnes je jednatelem soukromé společnosti.
1995-1998 Jan Stráský (ODS) - Premiér Klaus jej povolal do čela kritizovaného resortu koncem roku 1995. Ekonom Stráský byl zatím jediným ministrem zdravotnictví, který nebyl profesí lékař. Funkci opustil při demisi celé vlády v roce 1997. Nyní je ředitelem Krajského úřadu Jihočeského kraje.
1998 Zuzana Roithová (nestraník) - Ministryně zdravotnictví v dočasné vládě Josefa Tošovského. K prioritám řadila především optimalizaci sítě lůžkových zařízení. Ve funkci skončila po předčasných volbách v roce 1998. Dnes je senátorkou.
1998-1999 Ivan David (ČSSD) - Tento psychiatr patřil k nejvíce kritizovaným ministrům vlády Miloše Zemana. Pokusil se resort řídit direktivně. Po protestech lékařů podal demisi. Dnes šéfuje psychiatrické léčebně v Bohnicích.
2000-2002 Bohumil Fišer (ČSSD) - Premiér Zeman zařadil tohoto vědce do svého týmu v únoru 2000. Jeho úkolem bylo mimo jiné uklidnit rozbouřenou situaci mezi zaměstnanci ve zdravotnictví. Dnes učí na brněnské vysoké škole.
2002-2004 Marie Součková (ČSSD) - Ortopedku a místopředsedkyni strany si vybral do vlády premiér Vladimír Špidla po volbách v roce 2002. Ve funkci vydržela do dubna 2004, o jejím odvolání se mluvilo už od podzimu 2003. Osudnou se jí stal návrh koncepce zdravotnictví. Dnes se specializuje na práci s handicapovanými dětmi.
2004 Jozef Kubinyi
2004-2005 Milada Emmerová (ČSSD) - Poslankyně a sociálnědemokratická expertka na zdravotnictví stanula v čele ministerstva v srpnu 2004, v úřadu ji nechal i Grossův nástupce Paroubek. Emmerová byla proti převodu krajských nemocnic na obchodní společnosti a dostala se i do sporů s praktickými lékaři, kteří si stěžovali na zpožďování plateb od pojišťoven. To jí nakonec stálo místo. Dnes pracuje jako náměstkyně v plzeňské Fakultní nemocnici.
