Nepokoje vypukly ke konci poledních modliteb, kterých se zúčastnilo na 35 tisíc muslimů. Vyvolaly je stovky zejména mladších věřících.
"Policie vnikla do areálu a použila omračovací granáty, aby dav rozptýlila," řekl agentuře Reuters policejní mluvčí Gil Kleiman.
Mladí Palestinci začali házet kameny na blízkou Zeď nářků do sekce vyhrazené modlícím se ženám.
"Věřící byli ihned evakuováni," sdělil agentuře AFP rabín Šmuel Rabinovič sloužící u Zdi nářků.
Podle úřadů nebyl nikdo zraněn, izraelský rozhlas však uvedl, že musel být ošetřen jeden policista.
Mešita al-Aksá je třetí nejsvatější místo islámu. Byla postavena na troskách židovského chrámu.
Chrám byl zničen v roce 70 před rozšířením islámu. Zůstala z něj zachována právě jen Zeď nářků, k níž se Židé chodí modlit.
Místo v jeruzalémském Starém městě proto bývá častým místem střetů mezi izraelskými Židy a palestinskými muslimy.
Izraelské úřady - pokud se obávají demonstrací - obvykle omezují počet muslimů, kteří se mohou zúčastnit modliteb. Před dnešními nepokoji tak neučinily.
Napětí na Blízkém východě se zvýšilo po jednání tribunálu OSN v Haagu, který se zabývá izraelskou bezpečnostní bariérou.
Palestinci považují plot, který má zamezit pronikání sebevražedných atentátníků ze Západního břehu do Izraele, za nelegální.
