Jakmile však došlo na dosud neschválenou česko-vatikánskou smlouvu, atmosféra opět zhoustla.
Prezident dal svou nelibost najevo v dopise, který poslal ministru zahraničí. V něm píše, že vyjednaná dohoda je výhodná pro katolíky a nic nepřináší českému státu. Doporučil proto znovu začít jednat s Vatikánem.
"V této podobě bych ji nebyl ochoten podepsat," míní Klaus, který podle ústavy podepisuje mezinárodní smlouvy. Ministerstvo zahraničí si však stojí za návrhem dohody, kterou česká diplomacie jako jediná z postkomunistických zemí zatím neuzavřela.
"Tato smlouva je maximum možného, co se dalo vyjednat ještě v době opoziční smlouvy mezi ODS a ČSSD," řekl ministr Cyril Svoboda (KDU-ČSL). "Můžeme na to udělat expertizu, ale je to věc vlády, co se s tím bude dál dělat," dodal.
Dokument, který diplomaté složitě vyjednávali dva roky, přiznával katolické církvi autonomní postavení vůči státu v tradičních oblastech, jako je charita či školství. Smlouva například zaručovala stejnou váhu civilního a církevního sňatku. Církev se v ní také zavazuje poskytnout k bádání své památky.
Klaus však považuje řadu ustanovení ve smlouvě za zbytečná či nepřijatelná. Například odmítá závazek, že se obě strany budou snažit vyřešit majetkové vztahy. "Česká republika se nemůže zavazovat jiné zemi, jak bude řešit vnitřní problémy," míní prezident.
"Smlouvy ostatních zemí bývají daleko vstřícnější než ta naše, která vychází z primátu českého právního řádu," řekl Svobodův náměstek Pavel Vošalík. Katolická církev vzala dopis na vědomí, ale nebude se k němu vyjadřovat, protože nový papežský nuncius ještě nedorazil do Prahy.