Původní kaple byla postavena v letech 1936 a 1937, a to i díky úsilí prvního ředitele salesiánského domu, pozdějšího kardinála a litoměřického biskupa Štěpána Trochty. Ten plánoval, že bude sloužit jako kostel jen dočasně, než vznikne nový.
Nakonec ale zůstala stavba v původní podobě až do roku 1997.
Řád salesiánů založil italský kněz Giovanni Bosco, který se od poloviny 19. století věnoval záchraně chudé a opuštěné mládeže. Péče o mladé lidi zůstala základním posláním salesiánů, kteří v Kobylisích provozují středisko mládeže.
