Americké jednotky a jejich loutka Rhee prováděly krutou čistku jihu od všech disidentů, označovaných za “komunisty,” ačkoliv většina byli socialisté nespojení s venkovními “komunistickými” organizacemi. Každý, kdo oponoval Rheeovu režimu, byl podezřelý. Spousta vesničanů a farmářů byla systematicky odváděna, mučena, střílena a odhozena do masových hrobů. V době vypuknutí horké války v červnu 1950 se počet zavražděných odhadoval na 200-800 tisíc. Toto číslo je nepřesné, protože nejsou otevřeny archivy a informace jsou jen z režimního tisku, poplatného vládě, který ztráty zamlčoval. Většinou neznámé informace o brutální americké okupaci Jižní Koreje a nespočet válečných zločinů spáchaných v letech 1950-1953 byl systematicky ukryt pod horou obvinění mířících proti “rudé hrozbě” ze Severní Koreje. Samotná Korejská válka vyrostla z amerického odporu procesu na sebeurčení.
Horká válka začala v Ongjinu ráno korejského času 25.června 1950. Jak začala, už záleží na zdroji informací. Přestože korejskou válku oficiálně zahájila vojenská invaze Severokorejců na jih se souhlasem Mao Ce tunga a Stalina již na jaře 1949 začala jihokorejská vojska u hranic útočit na své severní sousedy a válka byla málem zahájena o rok dříve.
Hned na začátku války došlo k rozsáhlým masakrům na Jihu. Rhee nechal uvěznit desítky tisíc údajných komunistů, v takzvané Bodo League bylo sdruženo asi 300 000 levicových aktivistů a politických oponentů režimu. Po vpádu severního souseda na jih začal jihokorejský režim tyto osoby bez milosti likvidovat. Podle údajů Komise pro pravdu a smíření přišlo během několika letních týdnů roku 1950 o život přinejmenším 100 000 lidí. Jiné odhady hovoří dokonce o 200 000 mrtvých. Američané o těchto masakrech nejen věděli, ale také coby představitelé okupační mocnosti za ně nesou spoluvinu. Američané a Jihokorejci se dokonce snažili v tisku i televizi některá tato zvěrstva svalit na Severokorejce.
