Radiožurnál vychází z dokumentů o hlasování radních. Z nich údajně vyplývá, že rada ústavu neměřila stejným metrem všem kandidátům, kteří nesplnili kritéria výběrového řízení.
Zatímco Pernesovi rada ústavu umožnila opravit chybu v prohlášení o spolehlivosti, další kandidát Petr Zítko, který prohlášení nedodal, podobnou šanci nedostal. Rada ho z dalšího boje vyloučila.
Podle informací iDNES.cz ale šlo o spíše formální chybu. Zítko nedodal prohlášení vůbec, ačkoli bylo v seznamu požadovaných dokumentů. Pernes v něm pouze chybně naformuloval dvě slova, která mu rada dovolila doplnit.
Radiožurnál upozornil také na to, že jiný uchazeč o funkci Vladimír Čermák dodal větší než předepsaný počet stran koncepce ústavu, přesto byl pěti hlasy ze šesti radních propuštěn do druhého kola volby.
Nedostatečné jazykové schopnosti
Proti Pernesově jmenování se staví někteří zaměstnanci ústavu. Ti dnes upozornili na to, že jejich nový ředitel údajně také neumí anglicky. Znalost angličtiny byla přitom další podmínkou konkurzu.
Iniciativa NeUSTRčení citovala z Pernesovy řeči ze setkání se zaměstnanci, kde ředitel konstatoval, že angličtinu studoval na střední i vysoké škole a že navíc mluví německy a rusky. Iniciativa však trvá na tom, že při výběrovém řízení znalost angličtiny nedoložil, a že tedy nesplnil podmínku konkurzu.
Rada ústavu zvolila Pernese 17. února a historik by měl nahradit dosavadního ředitele Pavla Žáčka. Pak se ale objevila informace, že historik byl kandidátem tajné spolupráce Státní bezpečnosti a že studoval politickou vysokou školu - Večerní univerzitu marxismu-leninismu (VUML).
Dalším Pernesovým škraloupem je jeho členství v odborné historické komise ČSSD. Sociální demokraté přitom ústav dlouhodobě kritizují a nový ředitel se často ohání právě svou apolitičností.