Zlom v jeho životě přinesl komunistický převrat v tehdejším Československu v roce 1948. Tehdy působil v klášteře v Sabinově na východním Slovensku. Za zločin velezrady a vyzvědačství, jehož se měl dopustit šířením ilegálního protistátního tisku a dodáváním informací do Říma, byl odsouzen na dvanáct let vězení v Leopoldově.
"Tragickými se pro něj staly Vánoce v roce 1958. Dozorce ho slyšel zpívat koledu, což bylo ve vězení zakázáno a otec Metoděj byl převezen na samotku, kde dostal zápal plic," uvedl Siuda. Kvůli nedostačujícímu lékařskému ošetření a znemožnění převozu do nemocnice nakonec 23. března 1959 zemřel.
Již v dubnu letošního roku uznala církev Trčku za mučedníka. Papež Jan Pavel II. ho tak 4. listopadu v Římě prohlásí za blahoslaveného. Na tuto událost chce farnost Frýdlant vypravit autobus poutníků. Ostravsko-opavská diecéze tak bude mít už
druhého svatého. První je Marie Antonína, která se narodila v Ostravě-Vítkovicích a zemřela mučednickou smrtí za druhé světové války.