Obžaloba zahrnuje mimo jiné spiknutí, vraždu či útok na civilisty.
Chálid Šajch Muhammad se údajně kromě odpovědnosti za 11. září přiznal i k účasti na dalších třech desítkách útoků. Jsou mezi nimi například atentáty na Bali v roce 2002 nebo vražda amerického novináře Daniela Pearla ve stejném roce.
Muhammad byl zatčen v Pákistánu v březnu 2003 a poté vydán do USA. Jeho přiznání je ale sporné.
Ředitel CIA Michael Hayden počátkem února veřejně potvrdil, že Muhammad a dva další zadržovaní byli vyslýcháni za použití takzvaného waterboardingu, což je simulace topení. Kritici této metody výslechu ji nazývají mučením, a Muhammadovo přiznání tak soud může označit za vynucené. Waterboarding kritizuje i americký Kongres. - více zde
Kromě Muhammada má před soudem také stanout například synovec Muhammada Alí Abdal Azíz a Jemenec Ramzí bin Šibh podezřelý z role prostředníka mezi únosci letadel a vedením Al-Kajdy.
Kritizovaným "vojenský soud"
Šestice zadržovaných stane před zvláštním vojenským tribunálem, který Američané po 11. září ustavili přímo na Guantánamu. Činnost těchto vojenských soudů pro "nepřátelské bojovníky" v roce 2006 označil americký nejvyšší soud za protiústavní.
Kongres však následně schválil legislativu, která zadržovaným v omezené míře umožnila odvolání, a vojenské tribunály tak fungují nadále.
Na základně Guantánamo na Kubě je podle americké televize CNN zadržováno stále na 380 cizinců. Právníci zadržovaných si opakovaně stěžují, že jejich klientům je odepírán řádný proces.
Americká armáda kritiku Guantánama odráží tvrzením, že zadržovaní "nepřátelští bojovníci" nejsou váleční zajatci, a nevztahují se na ně tak ženevské konvence.
Při útocích unesenými letadly zahynulo 11. září 2001 téměř 3000 lidí. Dvě letadla narazila do věží Světového obchodního centra v New Yorku, které se později zřítily. Třetí stroj dopadl na Pentagon, čtvrté letadlo se zřítilo v Pennsylvánii. Příčinou jeho pádu pravděpodobně byl boj cestujících s únosci.
