Muhammad tehdy údajně použil jedno z 27 svých falešných jmen, aby se dostal do země. Jakmile byl jednou na Filipínách, většinu času strávil budováním základen Al-Kajdy, neboť chtěl na tomto souostroví vybudovat jednu ze základen teroristického hnutí.
Podle dokumentů filipínské rozvědky se měl papež v parku, kde se chystal pronést svůj projev, stát obětí bomby z ocelové trubky. V případě nezdaru pumového atentátu byli údajně připraveni ještě ostřelovači s vysoce účinnými puškami.
Filipínská policie už Muhammada označila za hlavního podezřelého z přípravy atentátu na papeže na Filipínách v roce 1995. Tehdy však nastražená výbušnina explodovala předčasně v bytě jeho spolupracovníka a synovce Jusufa, který později uprchl do Pákistánu. Tam byl zadržen a vydán do USA, kde byl odsouzen na doživotí za podíl na prvním útoku proti Světovému obchodnímu centru v New Yorku v roce 1993.
Ačkoli Muhammadovým hlavním posláním bylo budovat síť islámských gerilových jednotek, které měly bojovat mimo jiné i proti nadvládě konzumního stylu života, v soukromí se věnoval také příjemnějším stránkám života.
Dny trávil hloubkovým potápěním a nevyhýbal se ani dámské společnosti. Když chtěl udělat dojem na jistou zubařku, s níž se seznámil teprve předešlé noci, najal si prý vrtulník a zavolal jí ze svého mobilního telefonu v okamžiku, kdy přelétával nad klinikou, v níž pracovala.
Podle listu Sunday Times, který cituje dokumenty filipínské rozvědky, zřejmě Muhammad pobývá v Pákistánu, ale není nepravděpodobné, že se pokusí tuto zemi opustit.
Spojené státy řadí osmatřicetiletého Muhammada mezi 22 nejhledanějších teroristů a za jeho dopadení byla vypsána odměna 25 milionů dolarů.