Obecně je možné českou aktivitu v Afghánistánu rozdělit do tří oblastí – účast v operaci Trvalá svoboda, v misi ISAF a humanitární pomoc.
Vojenská operace Trvalá svoboda je vedená Spojenými státy a byla zahájena 7. října 2001 v Afghánistánu. Cílem bylo svrhnout vládnoucí režim Talibanu a zničit teroristickou síť Al-Kajdá působící v zemi.
V současnosti je operace zaměřena především na likvidaci zbývajících teroristických jednotek. Vyslání české speciální jednotky nabídl český velvyslanec při NATO Karel Kovanda na zasedání Aliance v prosinci 2003 a jeho návrh byl Spojenými státy a dalšími členy Aliance velmi dobře přijat. Na základě schváleného vládního návrhu bude do operace Trvalá svoboda vysláno 108 elitních vojáků z Prostějova, kteří budou zapojeni do průzkumu území a vyhledávání členů Talibanu a Al-Kajdá. Vojáci budou v Afghánistánu působit od března či dubna na dobu přibližně půl roku.
Mise ISAF je, na rozdíl od Trvalé svobody, akcí NATO podle mandátu OSN. Do mise ISAF vyslala ČR na základě rozhodnutí vlády polní nemocnici, která působila v Kábulu od května 2002 do konce roku 2002. Její činnost byla jak představiteli Aliance, tak samotnými Afghánci velmi dobře hodnocena. Kromě toho působí na velitelství NATO v Afghánistánu několik českých vojáků, tento rok také ČR poskytne pro misi několik ženistů.
Česká republika, která byla až do kampaně v Afghánistánu pokládána Spojenými státy a některými členskými státy NATO spíše za problémového člena Aliance, svou pozici v očích ostatních zemí výrazně změnila.
Díky účasti na obou misích si ČR získala podporu Američanů, kteří oceňují českou ochotu spolupracovat v rámci boje proti terorismu, a napomohla tak zlepšení vzájemných bilaterálních vztahů. Zároveň se České republice podařilo udržet dobré vztahy v rámci mise ISAF, kde spolupracuje pod mandátem OSN s členskými státy EU a NATO.
Prestiž ČR a důvěra NATO v ní postupně roste, což se odráží i ve významu, jaký NATO přikládá České republice při budování jednotky zaměřené na boj proti zbraním hromadného ničení. Úspěch v Afghánistánu jak při operaci Trvalá svoboda, tak v misi ISAF je pro USA i NATO velmi důležitý a Česká republika by si měla dokázat udržet své dobré postavení, které v NATO i ve vztazích se Spojenými státy získala.
