Nesrovnalosti jsou podle vyjádření mluvčí ministerstva Ireny Valentové zejména systémového typu a ministerstvo se jimi intenzivně zabývá. Podle kontrolorů vznikly zejména kvůli chybnému účtování případů zastupitelských úřadů, podmíněných závazků z transferů a prostředků na financování záloh zastupitelských úřadů.
Ministerstvo podle Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ) neúčtovalo za zastupitelské úřady průběžně, ale jednorázově. „Dvěma doklady tak zaúčtovalo 302 tisíc účetních zápisů. Ty přitom tvořily 59 procent všech účetních zápisů ministerstva v roce 2015,“ uvedli kontroloři. Podle nich navíc tyto doklady nesplňovaly zákonné náležitosti účetních dokladů, a nebylo z nich tak zřejmé, čeho se týkají.
Pro zastupitelské úřady ministerstvo také nesprávně stanovilo účetní období od listopadu 2014 do října 2015, zbytek roku 2015 účtovalo ministerstvo jen náklady, upozornili kontroloři.
Podle mluvčí právě toto nesprávné nastavení mělo dopad na celkovou bilanci účetní jednotky MZV. Podotkla, že toto nastavení zde funguje již od roku 2012 a již v uplynulém roce, po jmenování nového náměstka do vedení ekonomicko-provozní sekce v březnu 2016, začaly průběžně nápravná opatření v nastavení ekonomického systému.
„Jedná se však o velmi složitý a komplexní problém. Většinu zjištěných nesprávností však není možné opravit rychle, protože nesprávné nastavení účetního období a procesy zpracování skutečností, které jsou předmětem účetnictví především v zahraničí, jsou napevno naprogramovány a nastaveny ve stávajícím ekonomickém informačním systému, který je používán na našich zastupitelských úřadech v zahraničí,“ upřesnila mluvčí. Dodala, že úprava je dlouhodobou záležitostí a že úplnou nápravu je možné očekávat za účetní období roku 2018.
Z dalších systémových chyb vytýkají ministerstvu, že nerozlišovalo mezi hotovostními a bezhotovostními pohyby peněz. „Všechny hotovostní operace na zastupitelských úřadech účtovalo, jako by šlo o bezhotovostní pohyby na bankovních účtech. Ve výsledku proto stav peněžních prostředků na účtech zastupitelských úřadů nesouhlasil se zůstatky uvedenými ve výpisech z účtů,“ uvedl NKÚ.
Ministerstvo také chybně účtovalo peníze na financování záloh zastupitelských úřadů za 200 milionů korun. Podle kontroly je vykázalo jako závazek vůči jinému subjektu, i když je jen převádělo mezi svými vlastními bankovními účty.
V knihách podrozvahových účtů ministerstva zase neúčtovalo dlouhodobé podmíněné závazky ze zahraničních transferů nebo z jiných smluv. V účetnictví v roce 2015 například nevykázalo podmíněné závazky za více než 1,4 miliardy korun vyplývající z povinností daných ministerstvu vládou. Podle kontrolorů to byly například platby příspěvků mezinárodním organizacím, v nichž je Česko členem.
