Podle Uhla se mohl Žáček pokoušet zneužít písemnosti komunistické Státní bezpečnosti. Publicista se opíral o článek člena vědecké rady ústavu historika Viléma Prečana.Ten v rozhovoru pro Lidové noviny uvedl, že v ústavu již bylo digitalizováno již deset milionů stran písemností. "Kolik z nich skončilo na soukromých elektronických nosičích, to ví jen Pavel Žáček a Pánbůh," napsal Prečan. (o Uhlově trestním oznámení čtěte více zde)
Historik sám se přitom později od trestního oznámení distancoval a označil ho za "pošetilé". "Obávám se, že panu Uhlovi jde i nyní výhradně o cíl, jímž se nikdy netajil: likvidovat 'Institut imeni Orwella', jak posměšně a neprávem nazývá Ústav pro studium totalitních režimů. Ohání se při tom 'chartisty', pokud vím, je však jediný z někdejších signatářů Charty 77, kdo je s to se tímto rádoby vtipem bavit," uvedl Prečan.
"Dokument označený jako trestní oznámení není totiž trestním oznámením a skutečnosti v něm obsažené nezakládají podezření ze spáchání trestného činu," řekl iDNES.cz státní zástupce Petr Cibulka.
Žáček vrací úder
Hned ve vedlejším obvodě, na Státním zastupitelství pro Prahu 2, ale už leží trestní oznámení, které podal naopak Žáček na Uhla. Prostřednictvím advokáta a bývalého disidenta Stanislava Devátého v něm tvrdí, že se Uhl dopustil křivého obvinění případně pomluvy. O jeho osudu zatím není rozhodnuto.
"Pavel Žáček i jako zmocněnec vlády po více než tři roky úzce spolupracoval s jejím předsedou Mirkem Topolánkem a ministrem vnitra Ivanem Langrem, jehož byl Žáček i podřízeným. I proto mám obavy, že archiválií StB, které obsahují i četné citlivé osobní údaje (ve smyslu zákona o ochraně osobních údajů), by mohlo být zneužito podobně, jako před volbami v červnu 2006, kdy bylo zneužito zprávy plukovníka Kubiceho," stojí mimo jiné v oznámení Petra Uhla. Právě tuto pasáž ale například Žáček považuje za urážlivou.
Žáčka nahradil v čele ústavu Jiří Pernes. Jeho jmenování do funkce doprovází řada sporů. Největší rozruch vyvolala informace v médiích, že Pernes zatajil před Radou ÚSTR informaci o tom, že za bývalého režimu navštěvoval Večerní univerzitu marxismu leninismu. Pernes řekl, že tuto informaci nepovažoval za podstatnou.
Do funkce nastoupil Pernes 1. dubna (o volbě čtěte více zde). Na protest proti způsobu výběrového řízení odstoupili někteří členové vědecké rady. Prečan Pernese naopak podpořil.
