Role Blackwateru v Afghánistánu odstartovala na začátku roku 2002, kdy si CIA tuto soukromou agenturu najala, aby hlídala oblast kolem jejího stanoviště v kábulském hotelu Ariana, uvedly New York Times na svých webových stránkách. Služeb Blackwateru CIA využila i pro zajištění bezpečnosti své stanice v Bagdádu po zahájení bojů v Iráku o rok později.
Podle listu se role Blackwateru prudce změnila v okamžiku, kdy jeho pracovníci začali zajišťovat bezpečnost agentům CIA v poli. Někdy přímo při vojenských operacích ve spolupráci s vojáky.
Zátahy na povstalce v Iráku, přezdívané "popadni a urvi", se začaly provádět téměř vždy v noci během nejhorších bojů mezi lety 2004 až 2006. Americký list cituje několik bývalých strážců Blackwateru, podle nichž se akce zaměřené na zadržení a zabití ozbrojenců v Iráku a Afghánistánu staly takovou rutinou, že zaměstnanci Blackwateru při nich byli "spíše členy přepadových komand" než ochránci činitelů CIA.
Jméno Blackwater se dostalo do povědomí světové veřejnosti poté, co v září 2007 jeho zaměstnanci zastřelili v Iráku 14 neozbrojených civilistů, když zajišťovali průjezd konvoje amerických diplomatů ulicemi Bagdádu. Dalších 20 Iráčanů přitom bylo zraněno. Podle svědků mimo jiné házeli do davu granáty.
Jeden ze strážců Blackwateru již ve spojitosti s tehdejším masakrem přiznal vinu. Obviněno bylo dalších pět.
Program, který stál miliony dolarů a nevedl k ničemu
Už v srpnu New York Times uvedly, že CIA si pronajala zaměstnance Blackwateru na provedení tajného programu, v jehož rámci měly být vystopováni a zabiti důležití činitelé teroristické sítě Al-Kajda. Program stál miliony dolarů, ale nevedl ani k zatčení či zabití ani jednoho teroristy.
