Téměř tři roky se totiž bralo jako fakt, že Atta, pozdější vůdce teroristů, navštívil na jaře 2000 hned dvakrát Prahu - a to za velmi podezřelých okolností, které mohly naznačovat účast Iráku na útocích z 11. září.
Nejprve měl Atta přiletět 31. května z Frankfurtu, strávit šest hodin v tranzitním prostoru ruzyňského letiště a zase odletět zpět do Německa. O dva dny později byl znovu zpátky v Praze. Přijel autobusem a 3. června odletěl do New Yorku.
Jenže tuto neděli americký deník Chicago Tribune s odvoláním na německé bezpečnostní složky napsal, že koncem května 2000 v Praze ve skutečnosti pobýval pákistánský obchodník Muhammad Atta, který s teroristou Attou neměl kromě téměř shodného jména nic společného.
Možnost, že byl terorista Atta zaměněn s Pákistáncem, naznačila už v prosinci 2001 MF DNES, teprve americký deník však záměnu popsal do všech detailů. Jeho závěry podporuje i zpráva americké Komise 11. září. Ta tvrdí: "Muhamad Atta byl v Praze prokazatelně dvakrát: v prosinci 1994 a v červnu 2000."
Attův údajný pobyt na ruzyňském letišti byl přitom dlouho pokládán za klíčový: předpokládalo se, že tu měl velmi důležitou schůzku.